Nate, vamos a hacerlo por cabeza y luego por estructura, para que quede prolijo:
Diferencias en la cabeza:
-Relación entre el ancho del cráneo y del mentón
-Elevación de cráneo
-Longitud de morro
-Maseteros marcados en el Alano y sin marcar en el Boxer
-Presencia o no de máscara en el Alano, siendo imprescindible en el Boxer (salvo en el color blanco)
-Mentón "subido" del Boxer por mentón recto del Alano
-Mordida en prognatismo y tijera del Alano, y en prognatismo sólo en el Boxer
-Cubicidad del morro ("relleno" de labios)
-Relleno del pómulo
-Exigencia de tercer párpado pigmentado en el Boxer
-Forma de los ojos (esfero-romboidales en un caso y redondos en otro)
-Color de los ojos (siempre oscuros en el Boxer y claros en el Alano)
-Trufa "respingada" en el Boxer (la punta está más elevada que la base)
-Inserción de orejas (y tamaño de recorte)
Diferencias en el cuerpo:
-Longitud del tronco (uno es cuadrado y el otro es rectangular)
-Angulaciones delanteras
-Angulaciones traseras
-Grupa más alta que la cruz en el Alano y más baja en el Boxer (consecuencia de las angulaciones)
-Espalda recta en el Boxer y "partida" en el Alano
-Cuello corto y recto en el Alano y cuello largo y curvo en el Boxer
-Papada presente en el Alano y no en el Boxer
-Inserción de cola (alta en el Boxer y media en el Alano)
-Pié de gato en el Boxer (algo no deseado en el Alano)
-Exigencia de riñón corto en el Boxer
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Tienen cosas parecidas, como el cuerpo fuerte y la cabeza braquiocefálica, pero porque son molosos (hay muchas razas que cumplirían este parentesco). Lo que puede confundir al ojo "medio" es la máscara, que la tienen pocas razas (también hay unas cuantas más con ella). Puede ser un vestigio de de antecesores comunes (o del Alano como antecesor del Boxer).
Comparten también la mordida, que se acepta en el Alano el prognatismo (pero también se acepta en bastantes otras razas). No obstante el Boxer tiene el mentón muy marcado, por lo que este prognatismo no genera más parentesco entre ambos, porque la expresión es muy distinta.
Todas las cosas que he puesto en la cabeza van a influir por supuesto también en la expresión, cosa única de ambas razas (siempre diferentes).
El cuerpo presenta tantas diferencias porque el Alano es un perro de agarre, de caza y de guarda (según el standart). El Boxer también tiene su origen como presa, pero su función actual es la de perro de defensa, y de ahí que sea radicalmente diferente (angulaciones, longitud...), porque tiene otras exigencias de movimiento.
Si quieres comprar al Boxer con otra raza, en estructura es muy muy similar a razas como el Doberman, el Schnauzer, el Terrier negro ruso... Perros de defensa, no por casualidad.
En estructura el Alano siempre se va a parecer más a otras razas del mismo grupo (2 en el FCI) que al Boxer, como por ejemplo al Fila Brasilero, al Bullmastiff, al Dogo argentino... Con sus diferencias, pero con más cercanía que con el Boxer.
Es que lo raro sería que un perro de guarda/caza mayor tuviera la misma estructura que uno de defensa.
Del carácter y del movimiento no hablo porque no conozco en profundidad al Alano, pero las diferencias físicas son fácilmente analizables con el standart y fotos de ambas razas.
Y seguro que me he dejado más diferencias, y seguuuuuuuro que si entra alguien bien puesto en el Alano, saca muchas más.
Ahora, si coges un Boxer que se aleje mucho del standart y un Alano que se aleje mucho del standart y los comparas, seguramente les verás parentesco. Pero esto también pasaría con un Boxer y un Bullmastiff, con un Boxer y un Bulldog americano, con un Boston terrier y un Bulldog francés...
Pero eso no hace que dos razas se parezcan, porque lo que marca eso es el standart.