Pues en cuanto a que hacen y deshacen cuando tú estás en casa, eso es un comportamiento común que, como dicen los compañeros, es para defender o marcar su territorio. Mi consejo es que empieces a tratarlas con cariño, a jugar con ellas, a sacarlas a pasear, darles la comida, etc... Ésto hasta que se acostumbren a ti, a tu presencia en la casa. Verás como cambiará su comportamiento.
En cuanto a la limpieza, lo que te sugiero es que limpien con un detergente fuerte(cloro) y luego rocíes un poco de ambientador!! Creo que con eso bastará!!